Il sodalizio si costituisce nel novembre 1993 per volere di un gruppo di amici, alcuni di loro docenti di Educazione Fisica ed altri con il preciso scopo dell'attività sportiva promozionale con la pallavolo un mezzo di formazione dei minori, inizialmente residenti, nella zona di espansione della nostra comunità cittadina. L´inizio non è stato agevole alla luce della sempre atavica carenza di strutture adibite allo sport per la nostra comunità minore.

L´entusiasmo è stato il collante che ha sempre contraddistinto le squadre che l´associazione è riuscita "a costruire" molto spesso superando con impegno e abnegazione le difficoltà e conseguendo risultati molto spesso esaltanti. Possiamo dire che le squadre Pegaso sono state più volte protagoniste, anche se non sempre fortunate, delle finali provinciali giovanili avendo sfiorato più volte il podio più alto. Per quanto riguarda i campionati di serie, invece, ha militato per cinque anni in quelli provinciali, per sei anni in quelli regionali conseguendo per due volte il risultato del quinto posto in serie C regionale, solo ed esclusivamente con atlete formatesi nei propri vivai punto di forza di tutte l´attività dell´associazione.

Sin dalla costituzione, come si è già evidenziato, l´attività giovanile è stata la fucina di intere generazioni di atlete che hanno fatto un percorso educativo e formativo avente come mezzo lo sport. La bontà di questa attività è stata suggellata dalla continua convocazione delle nostre atlete nelle selezioni provinciali e regionali per citarne qualcuna: Francesca Morolla, Marina Tangari e le sorelle Pappagallo ed in ultimo Marilena Fracchiolla. Al fine di coinvolgere il maggior numero di atlete l´associazione ha sempre attivato le affiliazioni agli enti di promozione sportiva come il Centro Sportivo Italiano comitato di Molfetta e negli ultimi anni anche all´Associazione Nazionale San Paolo Italia comitato di Molfetta e in quest´ultimo ci ha visti vincitori per la categoria "Seniores" femminile nel 2002 e 2^classificata alla categoria "Speranza" nell´anno 2007 alla Festa Nazionale"Gioca con il Sorriso"di Bellaria Igea Marina.

La peculiarità della nostra associazione è che tutte coloro che vogliono fare sport con la pallavolo da noi sono sempre ben accette, in quanto non è possibile che un adulto possa precludere tale possibilità ad una persona desiderosa di fare movimento. Nella stagione sportiva 2007-2008 la società riparte dalla 2^ Divisione, ricoprendo tutti i campionati giovanili Under 18, 16, 14 e 13. Con queste ultime ha partecipato con due squadre. Nella stagione successiva la squadra maggiore disputa il campionato provinciale di 1^ Divisione e nella stagione 2010/2011 approda al campionato regionale di Serie D, conquistando meritatamente la permanenza.

Nella stagione 2011-2012 la squadra maggiore ha ottenuto la promozione dalla Serie D alla Serie C vincendo il girone play.off. Nella scorsa stagione ha sfiorato la permanenza nella massima serie regionale, arrendendosi solo ai play-out

Nell'estate del 2013 ci sono state importanti novità nel riassetto societario, con l'incarico di presidente affidato a Saverio Digioia, già allenatore del settore giovanile e della formazione che ha militato in Serie C. Si è deciso nella stagione in corso di ripartire dal campionato provinciale di I Divisione, e di potenziare e valorizzare le categorie giovanili under 16 e under 14 sicuri di un immediato ritorno nelle categorie che competono alla storia della società.

Nella stagione 2014-2015 il sodalizio molfettese è tornato a disputare il campionato regionale di Serie D, iscrivendo anche la formazione cadetta al torneo di II Divisione provinciale. Risultano iscritte tutte le rappresentative giovanili dall'under 18 all'under 12, con la novità assoluta della formazione maschile iscritta al campionato di I Divisione sotto la guida tecnica di Gianluca Aportone.

Nella stagione sportiva 2016-2017 la Pegaso '93 disputa nuovamente il campionato di Serie C, per effetto del ripescaggio avvenuto nell'estate del 2016, quando la Federazione Regionale ha invitato il sodalizio molfettese a formalizzare l'iscrizione, grazie al buon piazzamento ottenuto nella stagione 2015-2016, in cui la rincorsa del team di Nico Palumbo si è fermata in semifinale play-off.

Nella stessa stagione si segnala la nascita del Consorzio Insieme Volley, un progetto che abbraccia sei sodalizi e del quale la società del Presidente Digioia è promotrice.

Nella stagione 2017-2018 la formazione maggiore della Pegaso '93 ha disputato nuovamente da protagonista il campionato di Serie D, riuscendo a centrare la promozione attraverso i play-off, guadagnandosi così il diritto per la prima volta nella sua storia di disputare il neonato Campionato Nazionale di I Livello - Serie C.

La stagione 2018-2019 sarà a lungo ricordata per una serie di risultati estremamente positivi: il nono posto in regular season e permanenza in Serie C ottenuta ai play-out con un doppio 3-0 ma soprattutto i titoli interprovinciali Under 13 e Under 12 che hanno reso memorabile il 2019 pegasino.

Nel 2020 l'emergenza COVID-19 e il conseguente lockdown hanno imposto la Federazione a decretare la sospensione di tutti i campionati ai primi del mese di marzo. Le difficoltà che hanno interessato ognuno di noi hanno decisamente fatto passare in secondo piano le vicende sportive del club molfettese.

E nella stagione ormai alle porte? Le difficoltà restano a livello sanitario e non sarà semplice tornare alla normalità. Certi di poter disputare per il terzo anno consecutivo l'importante torneo di Serie C, la squadra maggiore e tutte le rappresentative giovanili della neo Presidentessa Pasqua Corrieri promettono ancora una volta di ben figurare a tutti i livelli, seguite da uno staff tecnico profondamente rinnovato ma con lo spirito e le motivazioni giuste.